【訂正】
罫線から下の内容間違っていました。
チェックボックスを動的制御するメソッド、見つけました。
　
TreeNodeUIオブジェクト内に「toggleCheck()」というメソッドがあって、これを利用することで、状態変更できます。
　

//ノードの取得
var node = tree.getNodeById('ノードのID');
//ノードUIの取得
var ui = node.getUI();
//チェックする
ui.toggleCheck( true );

toggleCheck()に渡す値をfalseにすればチェックが外れます。
　
TreeNodeUIのリファレンスまでちゃんと読んでいなかった僕のミスでした。。。
すみません。

　
　
Ext.JSのTreePanelにはチェックボックスを付けることができる。（チェックツリーというらしい）

Ext.JS本家のサンプルはこんな感じ→http://www.sencha.com/deploy/dev/examples/tree/check-tree.html
　
で、諸事情から、ここについているチェックボックスのチェックをJSで動的に着け外ししたい。
　
チェックが付いているノード（各要素）を取得できるメソッドは用意されているのに、
チェックを付けるメソッドが標準でない(T_T)
　
仕方ないので、Ext.JSを解析。（これが約1時間の作業。泣）
ノードはtreeNodeオブジェクトとtreeNodeUIオブジェクトから成立していることが分かった。
　
treePanelからtreeNodeを取得するには、getNodeById()を使えば良い。
そしてtreeNodeからtreeNodeUIを取得するには、getUI()を使う。
チェックボックスはtreeNodeUIのcheckboxというメンバで保存されている。
こいつのcheckedプロパティをtrueにしてやれば、できた。
ところが、当たり前だけど、checkboxのプロパティを変更するだけでは、
treeNodeUIのcheckedプロパティは変更されないので、
こちらも合わせて動的変更する必要がある。
　
というわけで、次のように書いた。
　

//ノードの取得
var node = tree.getNodeById('ノードのID');
//ノードUIの取得
var ui = node.getUI();
//チェックボックスにチェックをつける
ui.checkbox.checked = true;
//ノードのcheckedプロパティを変更
node.checked = true;

　
大体こんな感じ。
　
回りくどい。
出来る人はExt.JS自体を改変した方がいいですよー。
（多分PGなら、ここまで分かれば、あとはどこを改変すればいいかわかると思うので割愛）